Um outro grupo de bactérias freqüentemente relacionado à água é o grupo dos coliformes. Os coliformes fecais vivem no intestino dos animais como bois, porcos, cachorros, gatos, homens etc, sem lhes causar prejuízos. Eles são adquiridos quando penetram pela pele ou quando são ingeridos juntamente com a água ou alimentos contaminados e são constantemente liberados em grande quantidade, junto com as fezes.

Quando se faz a análise da água e se encontra contaminação por coliformes fecais significa que naquele local houve descarga de esgoto em período recente, o que aumenta a probabilidade de haver ali ovos e larvas de parasitas intestinais, visto que, estas formas também podem ser eliminadas com as fezes.

Desse modo, a presença de coliformes fecais, que são mais facilmente detectáveis em exames de rotina de laboratório do que as formas parasitárias, indica que a água não deve ser utilizada, porque há um risco aumentado de contaminação.