Pode-se dizer que este curso surgiu a partir de um antigo programa, Artropodologia, idealizado em 1978 e com início de funcionamento em 1980, sob a coordenação da Dra. Maria José Bauab Vianna, docente do Departamento de Zoologia, Instituto de Biociências, Unesp, campus de Botucatu.

Em 1987 aprovou-se uma reformulação do referido curso, o qual passou a denominar-se Zoologia, sob a coordenação do Dr. Virgílio Pereira da Silva, docente do Departamento de Zoologia, IBB, UNESP.

Após passar por vários órgãos federais, o curso de Zoologia foi reconhecido em 1995 pelo MEC e o programa de Ciências Biológicas, pelo mesmo órgão, em 1999. Em 1992, o regimento interno passou por profundas mudanças, as quais resultaram na consolidação do curso, com a crescente obtenção de melhores conceitos perante os órgãos de reconhecimento no panorama nacional. Tais alterações ocorreram durante as gestões do  Dr. Adilson Fransozo e do Dr. Gilson Luis Volpato. Atualmente, o curso está estruturado em duas grandes subáreas, de acordo com os grupos de pesquisa e a infraestrutura existentes: a) Morfologia, Fisiologia e Sistemática animal e b) Ecologia Animal.

O curso é hoje bem conceituado perante a Coordenadoria de Aperfeiçoamento Superior – CAPES, tendo obtido o conceito 5 na última avaliação (ano 2006).

A qualidade, tanto da produção cientifica, em termos de publicações, como de formação de profissionais na área de zoologia, tem sido bastante significativa e crescente como pode ser verificado nos relatórios anuais. Neste sentido, verifica-se que as perspectivas de manutenção de um padrão de excelência ou ainda de crescimento, são bastante favoráveis neste programa.

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