Este programa visa à formação do profissional na área científica e acadêmica da zoologia, com ênfase ecológica e/ou filogenética. Atualmente, o programa está organizado em duas áreas: 1º. Ecologia Animal e 2º. Morfologia, fisiologia e sistemática animal. Tais áreas contemplam 38 projetos, todos com financiamento externo, distribuídos nas seguintes linhas de pesquisa:

1º. Ecologia Animal –
a) populações animais (7 projetos);
b) comunidades animais (5 projetos);
c) ecossistemas aquáticos (4 projetos);

2º. Morfologia, fisiologia e sistemática animal –
a) morfologia animal (4 projetos);
b)fisiologia comparada e comportamento (5 projetos);
c) sistemática animal (4 projetos) e
d) reprodução e desenvolvimento (3 projetos).

Atualmente, cada uma dessas linhas de pesquisa conta com vários projetos (conforme indicação acima), os quais estão bem distribuídos e organizados. Todos os docentes permanentes possuem projetos sob sua responsabilidade.