Outro protozoário parasita do ser humano, o maior responsável por casos de diarréia em crianças, que pode até mesmo provocar retardo no desenvolvimento, é a Giardia lamblia , causadora da giardíase. Diferente das amebas, essa espécie se locomove por meio de estruturas especializadas em forma de chicote, os flagelos.

A ingestão dos cistos da Giardia lamblia ocorre principalmente quando se consome água sem tratamento ou tratada somente com cloro, substância que não mata o cisto; alimentos e mãos contaminados com o cisto. A contaminação dos alimentos pode ocorrer principalmente quando eles são lavados com água contaminada ou quando são manipulados por pessoas que tenham as mãos contaminadas com cistos, os quais podem também ser transportados por baratas e moscas.

Locais muito propícios à disseminação da doença são aqueles onde há aglomeração humana, como creches e orfanatos, que favorece o contato direto entre as pessoas. Falta de hábitos de higiene é outro aspecto que facilita a propagação dos cisto. No Brasil, a prevalência de infecção da giardíase é de 4% a 30%, valores que ficam entre   20% e 60% entre crianças de creches cuja idade varia de um a quatro anos.

Diferente de Entamoeba histolytica , o desencistamento de Giardia lamblia acontece no estômago, devido ao ácido ali existente. Surge então o trofozoíto que colonizará o intestino delgado, onde ele se reproduzirá dando origem a outros trofozoítos , que finalmente sofrerão encistamento e serão eliminados para o exterior do corpo junto com as fezes.

Os indivíduos sintomáticos apresentam quadros de diarréias agudas ou persistentes, o que acarreta perda de peso, dores abdominais e fezes aquosas, as quais raramente apresentam muco ou sangue. Assim como a amebíase, a giardíase , também apresenta indivíduos assintomáticos, que têm importante papel como fonte de infecção.