O ingresso dos alunos, tanto do mestrado como do doutorado, é feito por meio de Prova de Conhecimento escrita (eliminatória), envolvendo a Morfologia Vegetal, Ecologia Vegetal, Fisiologia Vegetal e Sistemática Vegetal, incluindo a análise crítica de artigo científico; análise do currículo (classificatória) com base em planilha previamente publicada e argüição de currículo (classificatória). A classificação no exame de ingresso, baseada na média final, será usada na distribuição de bolsas.

A distribuição de Bolsas Institucionais (Capes e CNPq) do Programa de Pós-graduação em Botânica é competência do Conselho do Programa e seguirá os critérios estabelecidos na Portaria Nº 01/2010-SPG/IBB/UNESP, disponível em Regulamentos.